Gruntfile.coffee に以下のように書く。

grunt.loadNpmTasks 'grunt-contrib-jshint'
grunt.initConfig(
  jshint:
    main:
      options:
        jshintrc: true
      src: [ 'app' + sitePath + 'js/script.js' ]
  ...
  watch:
    js:
      options:
        livereload: true
      files: [ 'app' + sitePath + 'js/*' ]
      tasks: [ 'jshint' ]
)

options.jshintrc = true を設定するとそれ以外の options は無視され同階層に置かれた .jshintrc ファイルを参照するようになる。

.jshintrc はJSON形式で記述する。
結果的に以下のような設定に。

{
  "node": true,
  "esnext": true,
  "bitwise": true,
  "camelcase": true,
  "curly": true,
  ...
  "globals": {
    "window": true,
    "document": true,
    "jQuery": true,
    "$": true,
    "_": true,
    "Backbone": true
  },
  "-W116": true,
  "-W041": true
}

globals には「XXXグローバルオブジェクトがない」的な警告が出るときに、予め「このグローバルオブジェクトはあるから、警告出すな」とJSHint側に伝えておく設定。
-WXXX: true は特定のエラーを無視したいときに追加する設定。このエラーコード（ドキュメントの原文では warning code）は grunt --verbose（もしくは grunt -v）として verbose モードで Grunt タスクを起動すると表示されるようになる。

表示例：

^ [W116] Expected '!==' and instead saw '!='.

ここでは W116 というのが warning code なのでそれを "-W116": true のように options に追加すると、警告は出なくなる。