1年以上放置していたので今更感がありますが、LineNumberWriterをバージョンアップしました。今回から、変換対象のコード内でタグが使えるようになります。例えば以下のように、strong要素やspan要素などを挿入することが可能です。（※）
<strong>で囲んでみました
<span style="color:#F33;">で囲んでみました※もちろん(X)HTMLの文法的にcode要素に含められない内容（ブロック要素など）は含めちゃダメですよ。
今度Sugamo.cssという企画に参加することにしたので、何かプライベートワークをやっていかなきゃいけないような気になり、とりあえずコレのバージョンアップでも、と着手しました。
実は前からタグが使えるようにしたくてちょくちょくいじってはいたんですが、IEの独自仕様でまた色々とつまづいてしまい、挫折しちゃってたんです。でもまぁ最近、良いアイデアが浮かんだのでどうにか形になった、という。