@import で呼び出すファイルのパスが間違っていると、詳細不明なレイアウト崩れが発生することがあります。HTML 4.01 Tranditional（システム識別子有り）のドキュメントで、Opera9、Safari2においてこの現象を確認しました。その他のブラウザでは、ファイルのパスが間違っていれば無視されるだけです。詳細不明な、と書くだけに理屈では説明できない、理解不能な崩れ方をします。
Like@Lunaticのテンプレートをベースにサンプルページを作ってみたのですが、自宅のOpera9（Win）ではこの現象を確認できませんでした。Like@Lunaticの文書型は XHTML1.0 Strict なので、文書型によって発生条件が変わるのかもしれません。
検証は不十分ですが、Opera/Safariでのみ理解不能な崩れ方をする場合は、この点を確認してみると良いかもしれません。